Die neukonzipierte Orgelanlage von St. Antonius besteht aus drei räumlich getrennten Instrumenten. Bereits 2012 wurde die Chororgel im Querhaus fertiggestellt, die Weihe der Hauptorgel erfolgte 2016, und seit 2018 erklingt das über der Vierungskuppel installierte Fernwerk.
Die Hauptorgel verfügt konsequent über Einzeltonsteuerungen, die dafür verwendeten Kegelladen stammen teils aus den Vorgängerorgeln von St. Antonius und der Christ-König-Kirche, teils wurden sie neu gefertigt. Ebenso finden etwa 70 Prozent des Pfeifenwerkes aus den genannten Orgeln Wiederverwendung im neuen Konzept.
Als Orientierung gebende Basis für eine Orgel mit erkennbar zeitgenössischem Profil wählten wir den Stil des beginnenden 20. Jahrhunderts, der einerseits durch satten, spätromantischen Grundstimmenklang geprägt ist, aber anderseits in Obertonregistern und Mixturen bereits Helligkeit und Transparenz erkennen lässt. Das Interesse an vielseitiger neuer, auch experimenteller Musik zeigt sich unter anderem im Vorhandensein mehrerer Schlagwerksregister (Carillon, Marimba, Vibraphon, Fa. Kern aus Kerpen) sowie in den zahlreichen technischen Möglichkeiten der Einzeltonsteuerung in Verbindung mit dem System Sinua.
Das Projekt wurde unter Mitarbeit und Beratung von OSV Prof. Reiner Schuhenn, Köln, entwickelt und bis 2014 begleitet. Ab 2015 übernahm OSV Ansgar Wallenhorst aus Ratingen diese Aufgabe.